Содержание
Введение
Все кто впервые сталкивается с тестами Y хромосомы испытывают большие сложности с понимаем результатов. Ключевой навык который поможет разбираться и интерпретировать тесты это умение читать гаплодрево.
Гаплодрево дает возможность сопоставлять результаты разных людей. Самое удобное гаплодрево разработано и продолжает развиваться усилиями команды наших соотечественников — Yfull.
Древо Yfull один из самых удобных инструментов используемых в генетической генеалогии. Оно содержит больше 100 тысяч глубоких тестов Y хромосомы. Для того чтобы попасть на это древо нужно предварительно пройти глубокое тестирование или по другому полное секвенирование Y хромосомы.
Ключевая задача наших исследований найти конкретное место протестированного на Y древе. При продвинутом исследовании Yfull сами все делают и рассчитывают все возраста. Образец появляется на древе и нам остается только отслеживать будущие изменения.
К сожалению протестированные только маркерными тестами такими возможностями не обладают. Их в принципе нельзя разместить на древе. Однако мы может попытаться предугадать то место которое они бы заняли, если бы углубили тест. Для этого мы сравниваем маркеры тех кто протестирован простыми тестами с маркерами тех у кого глубокие тесты. Иногда достаточно 37 маркерного теста, чтобы достаточно точно предсказать конкретное место на древе. Но это не работает в случае редких результатов, если нет близких совпадений либо слишком много совпадений из разных веток.
Есть также способ гарантированного подтверждения, попадает ли тот или иной протестированный в конкретную ветку или нет. Это точечный SNP тес. Такой тест можно сделать в Германской лаборатории YSEQ. Стоит он 18$. Тест на 100% может подтвердить или опровергнуть версию о попадании в конкретные ветки. Однако такой тест все равно не дает возможность разместить на Y древе. Однако таким тестом удобно дешево проверять потенциальное родство.
Далее последует описание древа Yfull. Без понимания того, что означают все эти надписи будет очень сложно разобраться в теме.
Древо Yfull
Ниже представлен скриншот субклад G-L1264 с сайта Yfull
Это только часть общей картины. Ниже на сайте еще представлены другие подветки G-L1264.
Версия древа Yfull (цифра 1). Примерно раз в месяц Yfull пересчитывают все возраста и меняют структуру древа.
2 — переключение древа на другой вид. Вид диаграммы позволяет разобрать в сложных ветках. Об это чуть позже.
3. Live режим. Этот режим показывает наиболее актуальную версию Y древа без указания расчетных возрастов. Грубо говоря Live режим показывает тот вид к которому придет древо после ближайшего обновления, в котором еще будут и актуальные возраста веток.
4. Здесь перечисляются все материнские ветки G-L1264. Все надписи расположены последовательно от древнейших веток к более современным и они все активные. Т.е. кликабельны, можно нажать на называние и перейти на другой уровень. Начальные значения почти всех одинаковые. Home — это Y хромосомный Адам. Время жизни +- 235 тыс. лет. И далее вплоть до G-Y12277 — +- 4900 лет.
5. Непосредственно название выбранной ветки, в данном случае G-L1264.
6. Название и общее количество снипов которые образуют выбранный субклад.
7. TMRCA. Один из ключевых терминов. Переводится как время до ближайшего общего предка. TMRCA 4300 ypb означает, что у всех попадающих в G-L1264 жил общий предок +- 4300 лет назад.
8. Formed — это TMRCA предыдущего уровня. Т.е. материнская ветка G-L1264 имеет TMRCA равный Formed G-L1264.
Formed G-L1264 = TMRCA G-Y12277. Formed G-Y12277 = TMRCA G-L1266 итд. Логика здесь простая. TMRCA показывает когда жил самый последний общий предок. Самый первый это Y хромосомный Адам, он у нас всех общий. Время жизни последнего общего предка является одновременно временем отделения ветки от параллельных субкладов. Например G-L1266 содержит 2 ветки. G-Y18370 и G-Y12277. Обе они дочерние к G-L1266 у которой TMRCA 7800 лет. Логично, что раз это был последний общий предок всех G-L1266 значит произошло разделение. Т.е. 7800 лет назад они и разошлись. Так и появляется Formed. Часто мы называем такой процесс как время отделения ветки. Иногда Formed достигает просто огромных цифр. Например:
A00 это уникальная линия всего человечества. Они отделились от нас всех 235 тыс. лет назад. При этом их общий предок жил 37600 лет назад. Остальные линии утеряны. Под A00* указаны древний останки из Камеруна. (древние останки выделяются на древе цветом). Как раз его возраст 37600 лет. Все остальные A00 имеют последнего общего предка всего около 1500 лет назад.
Чтобы не запутаться еще раз скопируем скриншот представленный выше
9 — дополнительный раздел Info. К нему вернемся позже.
10 — одна из подветок G-L1264. На нее тоже можно нажать и тогда отображение древа изменится. Будут показываться только подветки G-Y142023. Вернуться на уровень G-L1264 можно нажав на название G-L1264.
Как видно по скриншоту G-Y142023 образован всего одним снипом Y142023. Formed (12) = TMRCA (11) G-L1264. А TMRCA G-Y142023 = 3500 лет. Т.е. все G-Y142023 отделились от остальные G-L1264 примерно 4300 лет назад. Потом 1000 лет пропадают и возникает общий предок всех G-Y142023 живший +- 3500 лет назад.
13 — G-Y142023 со звездочкой (*). Эта звездочка показывает, что тут на древе есть результат который не попадает во все нижние ветки. Т.е. у него тоже есть снип Y142023 но других общих снипов у него больше ни с кем нет. В данном случае речь идет о Кабардинце Афаунове. Правда его результат скрыт по причине не оплаты стоимости услуг Yfull (+- 40-50$).
Остальные цифры показывают другие ветки, другие значения Formed и Tmrca итд.
Очень полезно для того чтобы разобраться в структуре веток использовать вид Диграмма.
Вот к примеру диаграмма G-Y142023
Диаграмма крупные веток, например G-L1264 сложнее, полностью не поместить на скриншоте. Можно переключиться на компактный вид, но даже так не все подветки G-L1264 помещаются на одном скрине
На скриншоте ниже выделены 2 ветки G-L1264 (ниже еще одна, самая крупная).
Раздел Info
Каждая ветка Y древа Yfull содержит дополнительную информацию. Получить ее можно нажав на кнопку info.
Раздел Info содержит несколько вкладок
TMRCA показывает расчетные значения, формулы по которым в итоге получаются те возраста которые выставляет Yfull. Немного подробнее про эти расчеты можно прочитать у нас.
Раздел SNPs содержит все снипы которые подпадают под конкретную ветку, в данном случае G-L1264. Скриншоты оттуда будут ниже.
Раздел STRs содержит полезную информацию относительно Y STR маркеров.
В верхней части показываются специфические мутации которые произошли на уровне G-L1264. Здесь не только маркеры из стандартного набора Y111, но и еще 700+ других маркеров. Большая часть из которых не очень удобна. На в первую очередь интересуют маркеры из набора Y111, было бы очень удобно, если бы их можно было бы отдельно отображать. Пока приходится вручную смотреть. Никаких особо редких мутаций здесь нет. Редкие мутации позволяют повысить точность прогнозов маркерных.
Ниже на странице представлена таблица маркеров характерная для всех попадающих в конкретный субклад.
Следующий раздел — Образцы. Здесь представлена информация о том в каких лабораториях протестированы те или иные образцы. Качественные характеристики, какой охват Y хромосомы итд.
Последний раздел Карта. Честно говоря он не очень удобен. Гораздо более наглядную информацию по субкладам Yfull можно получить на сайте phylogeographer.com. Для получения карты нужно вбить название субкалада в соответствующее поле.
Для тех кто загрузил свой тест на Yfull открываются дополнительные возможности закрытые для других. Про эти разделы мы сделаем отдельную публикацию.
Какие тесты можно загрузить на Yfull?
Чаще всего на древо Yfull загружаются тесты FTDNA BigY и полногеномные тесты различных лабораторий, в том числе проведенные в рамках научных проектов.
Ссылка на древо
Открыть древо можно ссылкой на главной странице https://yfull.com/
Либо по прямой ссылке https://yfull.com/tree/
После этого откроется интерфейс древа
На скриншоте выделены самые часто используемые разделы. В первую очередь это поиск
Поиск
После нажатия на кнопку поиск открывается специальное поле
В это поле надо ввести название конкретного снипа. Например L1264. Обращаем внимание, что префикс самой гаплогруппы надо опустить (в данном случае G-).
После нажатия на кнопку поиск откроется ссылка на нужный субклад
Другой способ вручную написать адрес. Для этого надо знать название терминального снипа. https://yfull.com/tree/G-L1264
В данном случае буква G- уже необходима.
Поиск удобен когда вы ищете конкретный снип.
Например все G-L1264 разделяют 6 общих снипов
Yfull выставляет каждому снипу рейтинг от 1 до 5 звезд. 5 звездочные снипы самые надежные.
Несмотря на то, что вся ветка называется L1264, в ней есть еще 5 снипов. В теории, со временем, этот субклад может разделиться еще на 5 дополнительных.
Для примера введет в поле поиск снип Y12281
Система поиска есть и у древа FTDNA. Учитывая, что большая часть протестированных попадают на Yfull из FTDNA, остановимся и на этом древе.
FTDNA Haplotree
Если выбрать Variants, то правая часть меняется
Снипы которые определяют отдельный уровень, или по другому новый субклад — называют терминальными. В нашем примере терминальный снип G-L1264. А снип FGC21518 не является терминальным. Он входит в уровень G-L1264. Т.е. L1264 это терминальный снип который в себя кроме самого снипа L1264 еще 5 других.
Открывать терминальные снипы на древе FTDNA тоже можно по прямым ссылкам. Например G-L1264 открывается по ссылке https://www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/G;name=G-L1264
Для поиска ваших значений нужно поменять букву G на нужную гаплогруппу и также название конкретной ветки после знака =.
На древе есть специальное поле для поиска терминальных снипов, например выданных вам по итогам теста
Не совпадающие названия терминальных снипов
Часто бывает такое, что название терминальных снипов FTDNA и Yfull не совпадают. Например на Yfull родительский субклад к G-L1264 называется G-Y12277. А на древе FTDNA такого снипа нет.
Для этого есть несколько способов.
Во первых можно найти на древе Yfull синоним Y12277 (SK1142).
Так все находится. Но есть более простой и быстрый способ.
На сайте необходимо выбрать раздел SNP
Качество снипов
Все снипы на древе Yfull оцениваются по разным критерям и получают качественную оценку выраженную в звездах
