Методика маркерного анализа

Главная задача при анализе набора маркеров это определение наиболее глубокой ветки на мировом Y древе.

В первую очередь необходим набор маркеров. На примере ниже набор из 37 маркеров

image 45
Y37 гаплотип

Такой набор называется гаплотипом. Соответственно набор из 37 маркеров это 37 маркерный гаплотип.

Инструменты которые используют при анализе:

  • калькулятор (предсказатель) гаплогрупп Nevgen

Nevgen

Nevgen это сервис который на основе набора маркеров предсказывает гаплогруппу, иногда с высокой детализацией.

На скриншоте ниже представлен интерфейс калькулятора Nevgen.

image 49
Интерфейс калькулятора Nevgen

В поле обозначенное цифрой 1 необходимо скопировать набор маркеров, немного подождать пока заполнится цифрами область обозначенная цифрой 3 и нажать кнопку Calculate. На скриншоте ниже пример заполненный

image 50
Методика маркерного анализа 13

После расчета появляется предсказание.

image 51
Методика маркерного анализа 14

На этом примере калькулятор предсказал только гаплогруппу. Со 100% вероятностью предсказана гаплогруппа R1a. Теперь когда мы знаем гаплогруппу мы можем переключить Nevgen в режим работы по конкретной гаплогруппе. Для этого надо нажать на настройки (цифра 4 на первом скриншоте).

image 52
Методика маркерного анализа 15

Здесь надо выбрать нужную гаплогруппу, в данном примере R1a и повторно нажать на Calculate.

image 53
Методика маркерного анализа 16

Теперь предсказывается не просто гаплогруппа а ее глубокая ветка.

STR Match Finder

Видеоинструкция к STR Match Finder

STR Match Finder позволяет сравнивать наборы маркеров и определять наиболее близкие совпадения. Список совпадений выстраивается так, что самые вероятные совпадения оказываются в верхней части. Главное на что стоит обратить внимание это 6й по счету столбец GD. Это сумма отличающихся маркеров. Чем цифра меньше, тем более вероятнее родство.

Далее в таблице указываются конкретные маркеры и визуально можно оценить, по каким маркерам кто отличается. Редкие значения выделяются цветом. Самые редкие темно-красные. Это цветовое выделение показывает, что для конкретной выборки значение маркера очень редкое. Иногда это позволяет углубить предсказание.

Сами маркеры расположены по скорости мутаций. Те что слева реже мутируют, они более стабильны. В правой части самые быстрые. Некоторые маркеры отличаются сразу на несколько позиций.

Для 37 маркерного гаплотипа близкие совпадения обычно отличаются до 3-5 маркеров.

image 54
Методика маркерного анализа 17

По картинке хорошо заметна группа близких между собой результатов. Первые 3 с GD = 2 (первый столбец) это представители одной фамилии. У них генетическая дистанция маленькая и также самый последний маркер (CDY) одинаковый. Это говорит о близком родстве. CDY это самый быстро меняющийся маркер и когда значения этого маркера совпадаю у тех у кого дистанция по маркерам не сильно большая, то это говорит о близком родстве. В противовес этому стоит обратить в внимание на нижние строки. Там дистанция по маркерам составляет 11-12 шагов и CDY тоже одинаковый. Здесь наоборот, CDY случайно совпал, при такой большой дистанции такой маркер лучше вообще убрать из сравнения (удалив его из заполненной таблицы на сайте STR Match Finder).

Также обращаем внимание на маркер YCAII. Он выделен темно красным цветом. Это редкое значение является проявлением маркерного шаблона. Этот шаблон позволяет на основе редких значений маркеров выявлять более точные совпадения.

Yfull

Гаплодрево Yfull содержит ряд инструментов, которые помогают в исследованиях.

Для начала остановимся на поиске. Yfull дает возможность по названию того или иного SNP найти субклад к которому относится этот SNP.

Для этого нужно зайти на сайт и открыть древо:

image 55
Методика маркерного анализа 18

В самом низу страницы ссылка на актуальную версию древа.

image 56
Методика маркерного анализа 19

В правом верхнем углу нажимаем на поиск и вводим название SNP

image 57
Методика маркерного анализа 20

Например тот SNP который в нашем примере был предсказан калькулятором Nevgen, а именно YP451.

image 58
Методика маркерного анализа 21

В результате появляется ссылка на соответствующую ветку и название SNP. В данном примере указывается 2 названия, это синонимы.

image 59
Методика маркерного анализа 22

Еще одним удобным инструментом который предоставляет Yfull является анализ маркерных мутаций. Об этом и о том как использовать гаплодрево FTNDA можно прочитать в материале.

Таким образом, используя симбиоз различных инструментов мы (не всегда) можем предсказать ту или иную ветку на Y древе. Подтвердить предсказание можно точечным SNP тестом. Об этом по ссылке.

7 комментариев к “Методика маркерного анализа”

  1. Уведомление: Загатовка - Circassian DNA
  2. Уведомление: Озроков - Circassian DNA
  3. Уведомление: Керимов - Circassian DNA

Оставьте комментарий